Imaris
Imaris è un software avanzato di visualizzazione e analisi tridimensionale utilizzato principalmente nel campo della microscopia e delle scienze della vita. Sviluppato da Bitplane (ora parte di Oxford Instruments Andor), è progettato per aiutare i ricercatori a esplorare, analizzare e comprendere dataset di immagine complessi, tipicamente ottenuti tramite microscopia a fluorescenza e confocale. Imaris è ampiamente utilizzato in molte aree di ricerca scientifica, inclusa la biologia cellulare, la neurobiologia, la microbiologia, e la patologia, per la sua capacità di gestire grandi volumi di dati di imaging e fornire analisi dettagliate e visualizzazioni accattivanti.
Descrizione
Imaris fornisce ai ricercatori un workflow completo per gestire ed analizzare i dataset di immagini, a partire da uno strumento per il browsing delle varie cartelle (Imaris Arena) a strumenti per:
- Visualizzazione 3D: Imaris permette di visualizzare immagini tridimensionali con una qualità elevata, inclusa la possibilità di ruotare, ingrandire e manipolare le immagini per esaminare meglio le strutture interne.
- Segmentazione e Analisi: Il software offre strumenti potenti per segmentare immagini 3D e analizzare quantitativamente le strutture, come cellule, neuroni, tessuti e organelli. Questo include la misurazione di volumi, superfici, distanze e altre caratteristiche morfologiche.
- Tracciamento di Oggetti: Imaris è in grado di tracciare il movimento di particelle o strutture nel tempo, utile per studi di dinamica cellulare e altri processi biologici.
- Rendering di Alta Qualità: Il software fornisce rendering di alta qualità per la presentazione e la pubblicazione di dati scientifici. Sono incluse opzioni per la creazione di filmati e screenshots dettagliati.
A partire dalla versione 10.1, Imaris include un’implementazione nativa di machine learning direttamente all’interno del wizard per la creazione guidata di superfici.
È ora possibile addestrare un algoritmo di intelligenza artificiale a riconoscere e segmentare strutture d’interesse semplicemente “dipingendo” con il cursore alcuni pixel rappresentativi sia della struttura d’interesse che del background, e lasciando che l’algoritmo di machine learning deduca quali sono le regole da utilizzare per la segmentazione.
Se la predizione non è sufficientemente accurata, si dipinge un altro po’ di segnale o di background in alcuni dei punti in cui il classificatore ha sbagliato e poi si chiede al sistema di aggiornare la propria predizione tenendo conto dei nuovi input.
Si tratta di un modo molto intuitivo e semplice di impostare la segmentazione, molto più versatile di una semplice definizione di soglie e filtri; tutto ciò che occorre sapere è dove si vuole il primo piano e dove si vuole lo sfondo.
Imaris è compatibile con una vasta gamma di formati di file di imaging, sia proprietari che open source, che possono essere importati e convertiti nel formato Imaris (.IMS), e sui quali è successivamente possibile lavorare senza alcuna restrizione.
Infinte, nonostante la sua complessità, Imaris è noto per avere un’interfaccia utente relativamente intuitiva, che permette ai ricercatori di utilizzare le sue funzionalità avanzate senza la necessità di conoscere sofisticati linguaggi di programmazione.
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Testimonianze
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